W trybie proxy wybierasz domeny, pod którymi będą Twoje aplikacje. Mogą być też subdomeny, ale muszą być różne dla jednego i drugiego. Jak je skonfigurujesz - zrestartuj, poczekaj chwilę i maja się pojawić pod tymi adrseami które skonfigurowałeś (zakładam że DNSy już wskazują na Twój serwer).
Jak nie - sprawdź logi: nginx, nginx-letsencrypt, nginx-gen.
Generalnie za pierwszym razem, jak jeszcze nawet nie wyobrażasz sobie jak to ma działać to tam dużo rzeczy może... nie działać

Albo działać inaczej niż założyłeś - stąd problemy.
Być może to już jest ten aspekt naszego stosu, gdzie powinien wkraczać certyfikowany instalator SUPLA
